『海錨』 代表掌握海軍
『錨銖』 代表團結
『衛星』 代表慎密掌握資訊之堅強實力
『閃電』 意涵為處理任務之迅速與機動力
『地球』 代表海軍資訊戰力縱衡海洋
我 們 的 願 景
互相快樂學習、共同健康成長、
滿足部隊需求、保障任務遂行。
第一步、穩定中求發展：
時時有危安警覺
人人有SOP觀念
第二步、持續追求卓越：
樂在終身學習
勁在戰訓本務
第三步、共同掌握未來：
同舟共濟絕不缺席
創新突破永不停止
精實案中通信組織調整，國防部海軍總司令部原通信電子處併編為國防部海軍總司令部戰鬥系統署不再擔任兵監任務，並考量精實案宗旨及前瞻基地通信發展，於民國86年中開始著手規劃「海軍通信系統指揮部」編成事宜，遂於原各通信站、臺抽騰通信特業軍士官及行政、政戰、主計部門檢討員額以835員組成，隸屬國防部海軍總司令部，並將原各地區通信站、臺改編為通信隊、臺，並改隸海軍通信系統指揮部，經國防部海軍總司令部計畫署多次研討協調，完成隸屬、任務組成、編裝等編成事宜，呈報國防部，於民國87年10月1日奉國防部准予編定，在民國87年12月28日接受國防部海軍總司令部各署處編成點驗檢查，於12月29日由海軍副總司令葉仕文中將於國防部海軍總司令部大直營區中正堂前，主持本部編成、授旗、授印暨首任指揮官佈達典禮，本部開始正式運作。
本部所屬通信隊原為左營通信隊、臺北通信隊、蘇澳通信隊、馬公通信隊、基隆通信隊、海軍空軍作戰中心通信隊、電信監察臺、花蓮通信區隊等，奉國防部海軍總司令部核訂所屬花蓮通信隊變更為花蓮通信區隊；屏東反潛機大隊通信隊變更為屏東通信區隊，本部暨所屬編裝修訂自94年7月1日起奉國防部海軍總司令部號令生效。
自95年精進案第二階段，奉國防部海軍司令部95年6月23核定，本部通信綜合科及電子系統科，自95年7月1日變更為通資系統科、電子系統科及通資安全科，原電信監察臺裁撤，原屏東通信區隊併入左營通信隊成立第三區隊，民國97年1月1日海軍空軍作戰中心通信隊降編為海軍空軍作戰中心通信區隊，隸屬海軍臺北通信隊。
本部所屬花蓮通信隊於100年4月1日變更為花蓮通信區隊；另基隆通信隊於102年1月1日奉國防部海軍司令部核訂變更為基隆通信區隊，分別隸屬海軍蘇澳通信隊及臺北通信隊。
本部下轄左營、台北、蘇澳及馬公通信隊遂行海軍艦隊作戰艦岸通信的主要任務，隨著資訊發達也賦予擔任海軍各基地資安管控任務。
● 海軍通信系統指揮部招募員聯絡資訊 ●
● 海軍通信系統指揮部：
聯絡人：林嘉珍 小姐
招募專線：02-25337237
● 海軍臺北通信隊：
聯絡人：陳志宏 先生
招募專線：02-25321640
● 海軍左營通信隊：
聯絡人：陳薏涵 小姐
招募專線：07-5851990
● 海軍蘇澳通信隊：
聯絡人：謝宛玲 小姐
招募專線：03-9961025
● 海軍馬公通信隊：
聯絡人：林玉婷 小姐
招募專線：06-9210419