單位簡介
民國五十五年五月海軍陸戰隊司令部奉命興建團陸上基地及兩棲登陸訓練場地，八月司令于豪章中將親赴恆春半島會勘，選定車城地區肇建基地，九月建立團基地籌備委員會。
五十六年二月成立指揮部，初期人、物力均缺乏暫借田中村集會所為指揮部辦公室，統埔村鎮安宮作為訓練器材庫，車城鄉福安宮供官兵住宿。 五十七年九月正式成立「恆春訓練基地指揮部」下轄政戰部、行政組、訓練組、及勤務排，指揮部暫駐保力營區；十月李黎明少將奉派為第一任指揮官，十二月完成二重溪興建工程，指揮部由保力營區遷至二重溪營區。
六十二年七月本部全銜改為「恆春三軍聯合訓練基地指揮部」。
六十四年一月增編聯合裁判組。
六十八年二月海軍陸戰隊第七十七師成立，本部納入該師執行進訓梯團測考任務外，並協助星光部隊訓練任務。
七十三年七月第七十七師解編，本部恢復編組，下轄政戰部、訓練科、基管科、醫務所、聯合裁判組、勤務排。
八十四年八月因應陸軍部隊進訓基地實施連營實彈攻擊測驗，將勤務排擴編為本部連。
八十七年八月奉海軍總部令，改隸海軍教育訓練暨準則發展司令部，本部全銜改為「三軍聯合作戰訓練基地指揮部」。
八十九年七月奉海軍總部令，回歸陸戰隊司令部管制，後遵奉國防部令核定本部聯合裁判組修編為旅級、步兵、裝步、戰車、及火力支援裁判組。 九十年七月將聯合裁判長乙職調整為部本部參謀主任，南、北聯合測考中心裁判十員及陸航、海、空軍裁判各乙員納入裁判組。
九十年八月奉國防部令核定本部訓練與指揮權責改隸海軍陸戰隊司令部。
九十六年一月本部下轄單位改銜為政戰綜合科、作戰訓練科、後勤科、醫務所、聯合裁判組、本部連，並增編主計科迄今。